Tumoren verlieren häufig chromosomales Material. Dieser Verlust betrifft auch Orte, an denen Heterozygotie auftritt, d.h. Orte, an denen sich die mütterliche und väterliche Erbsubstanz in ihren entsprechenden Sequenzen unterscheiden. Solche Polymorphismen betreffen vielfach repetitive Sequenzen (Mikrosatelliten mit zum Teil nur zwei bis vier sich wiederholenden Nukleotiden), die bevorzugt in den nicht kodierenden Bereichen der DNA lokalisiert sind. Anhand dieser Merkmale kann von jedem Menschen ein so genannter genetischer Fingerabdruck erstellt werden.

Mit LOH-Analysen lässt sich beispielsweise untersuchen, ob an bestimmten Orten des Genoms, an denen sich väterlicher- und mütterlicherseits ererbte Allele unterscheiden, eine Deletion stattgefunden hat. In solchen Fällen bedeutet der Verlust genetischen Materials zugleich den Verlust der Heterozygotie. Häufig lassen sich entsprechende Loci mit LOH in maligne entarteten Zellen nachweisen. Werden in Gewebeproben unterschiedlicher Herkunft mehrere übereinstimmende LOH gefunden, kann mit sehr hoher Wahrscheinlichkeit darauf geschlossen werden, dass eine klonale Ausbreitung stattgefunden hat.

Mütterliches und väterliches Allel eines Mikrosatelliten unterscheiden sich geringfügig in ihrer Länge. In der Tumorzelle ist dieser Gen-Locus durch Deletion verloren gegangen. Mittels Polymerase-Kettenreaktion kann die entsprechende Sequenz anhand von Mikrosatelliten-Markern vervielfältigt werden. Bei der Analyse mittels Elektrophorese (E) ist bei der Tumorzelle der Verlust der Heterozygotie (LOH) zu erkennen.